Озеро образовано в русле реке Саратог, которая находится в 134 км от Душанбе и в 23 км от дороги Душанбе-Худжанд.
Озеро названо в честь Александра Zulqarnain – так местные жители звали Александра Македонского. Искандер — персидское произношение Александра, а Куль — озеро по-тюркски.
Истоком озера является Искандер-Дарья, которое впадает в реку Ягноб, образуя Фан-Дарью, главный левый приток реки Зеравшан.
Расположение озера Искандаркуль в Таджикистане:
